方瑛， 都督政之子。
正统初，以舍人从父征麓川。
父战死，瑛发愤，矢报父仇。初袭指挥使，已，论政死事功，迁都指挥同知。
正统六年，从王骥征麓川。帅兵六千突贼垒。贼渠衣黄衣帐中。瑛直前，左右击斩数百人，躏死者无算，遂平其地。进都指挥使。
寻复从骥破贡章、沙坝、阿岭诸蛮。进都督佥事，莅后府事，充右参将，协守云南。
正统十三年，复从骥征麓川。破鬼山大寨，留镇云南。
景泰元年，廷议以瑛有将略，命都督毛福寿代，还，进都督同知。甫抵京，而贵州群苗叛，道梗。骥请瑛还讨。其年四月拜右副总兵，与保定伯梁珤、侍郎侯璡次第破走之。进右都督。复破赏改诸寨，擒伪苗王王阿同等。璡卒，都御史王来代督军务，分道击贼香炉山。瑛入自龙场，大破平之。
景泰三年秋，来劾瑛违法事，置不问。来召还，命瑛镇守贵州。其冬，讨白石崖贼，俘斩二千五百人，招降四百六十寨。进左都督。
景泰五年，四川草塘苗黄龙、韦保作乱，自称“平天大王”，剽播州西坪、黄滩。瑛与巡抚蒋琳会川兵进剿，贼魁皆就缚。因分兵克中潮山及三百滩、乖西、谷种、乖立诸寨，执伪王谷蚁丁等，斩首七千余。诏封南和伯。
景泰六年，，琳奏瑛前守贵州，边境宁，苗蛮畏服，乞遣还。帝不许。未几，湖广苗叛，拜瑛平蛮将军，率京军讨之，而使御史张鹏侦其后。还奏，瑛所过秋毫不犯，帝大喜。
景泰七年，贼渠蒙能攻平溪卫。都指挥郑泰等击却之，能中火枪死，瑛遂进沅州。连破鬼板等一百六十余寨。与尚书石璞移兵天柱，率陈友等分击天堂诸寨，复大破之。克寨二百七十，擒伪侯伯以下一百二人。时英宗已复位。捷闻，璞召还，瑛留镇贵州、湖广。瑛讨蒙能余党，克铜鼓藕洞一百九十五寨，覃洞、上隆诸苗各斩其渠纳款。帝嘉瑛功，进侯。
天顺二年，东苗干把猪等僭伪号，攻都匀诸卫。命瑛与巡抚白圭合川、湖、云、贵军讨之，克六百余寨。边方悉定。瑛前后克寨几二千，俘斩四万余。平苗之功，前此无与比者。寻卒于镇，年四十五。帝震悼，赐谥忠襄。